เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม 2549 โรงพยาบาลธนบุรีได้เปิดศูนย์ MRI เพื่อให้บริการ รักษาผู้ป่วยโดยเครื่องตรวจวินิจฉัยโรคด้วยคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า (Magnetic Resonance Imaging) ซึ่งเป็นการวินิจฉัยที่รวดเร็วถูกต้องและแม่นยำ โดยที่ไม่มี อันตรายต่อร่างกาย เครื่อง MRI มีโปรแกรมการตรวจต่างๆ ดังนี้